یکی از مهمترین تفاوت های این دو جواز این است که پروانه بهره برداری بعد از تاسیس کارخانه مورد نظر صادر می گردد. اما جواز تاسیس زمانی صادر می گردد که متقاضی قصد احداث کارخانه یا کارگاهی دارد. کاربری که موفق به اخذ جواز تاسیس شد می تواند کارخانه یا واحد صنعتی خود را تاسیس کند. این جواز قبلا به نام موافقت اصولی معروف بود و نوعی جواز برای ساخت کارخانه است.

بنابراین می توان گفت جواز تاسیس یک برگه کاغذ مبنی بر اجازه ساخت کارخانه است و اگر کاربر اقدام به ساخت کارخانه نکند باطل می شود. اما پروانه بهره برداری یک سند است که نشان دهنده وجود یک کارخانه می باشد. این سند به هر کارخانه ای که قصد نصب ماشین آلات به منظور تولید و یا آزمایش محصولات دارد اعطا می گردد.

بنابراین تا زمانی که محل تولید کامل نشود و محصول تولیدی مورد نظر ارائه نگردد این مجوز صادر نمی شود. ولی زمانی که کاربر موفق به تولید محصول شد و تاییدیه ادارات مربوطه را به دست آورد می تواند این جواز را اخذ کند. نکته جالب توجه این است که پس از اخذ پروانه بهره برداری این مجوز جایگزین جواز تاسیس می شود.

به طور کلی متقاضی که قصد تولید، تایید و عرضه محصول به بازار را دارد باید قبل از تولید مجوز بهره برداری مبنی بر تولید همان محصول اخذ کند. اما  جواز تاسیس در زمان تاسیس همان واحد صنفی مورد نیاز است و باید ارائه شود. لازم به ذکر است بدانید هر دو جواز از سوی وزارت صنعت، معدن و تجارت صادر می گردد.